As principais alterações em relação ao PNV de 2006 são: substituição das 3 doses de vacina MenC para apenas uma única aos 12 meses; antecipação da VASPR dos 15 para os 12 meses de idade; deixa de ser necessária a vacinação contra a hepatite B entre os 10 e 13 anos e, ainda, a cessação da campanha de vacinação com a vacina contra o HPV à coorte de raparigas de 17 anos de idade.